A estacao de Jaguari era a ultima da linha original construida em 1919, porem nos anos 30, o ramal foi continuado ate Santiago do boqueirao, quando acabou se tornando apenas mais um patio de manobras normal e ponto de parada dos passageiros, possuia em torno de 5 linhas (mortas e desviadas) e uma garagem da Via Permanente. A estacao perdurou nessa situacao ate 1982, quando o transporte de passageiros no ramal foi suprimido. Nesse periodo foi quando o patio comecou a reduzir, mas nao alterando muito ate 1996, quando fora privatizado, a estacao viu seu patio reduzir drasticamente, em menos de 3 anos, o patio virou apenas um desvio de cruzamento e a garagem da VP, situacao que continua igual ate os dias atuais.

No período de atuação da RFFSA houveram grandes melhoras na ferrovia, sendo substituídos os trilhos de TR37 para TR45 na década de 1970 ate a estacao de Jaguari, também fizeram reforços estruturais nas pontes, para suportar 20 toneladas por eixo. A estacão servia apenas para os cruzamentos dos trens graneleiros, e ate por volta de 1982 como parada do trem de passageiros. Seguindo Assim ate por volta de 1996 com a privatização.

Apos a entrada das operações da FSA Ferrovia Sul Atlântico, houveram grandes investimentos em via permanente, tendo praticamente todos os trilhos e dormentes trocados, ate em 1999, quando apos a empresa começar a operar a malha argentina, se tornou a ALL-America Latina Logística, quando a empresa tirou de operação a continuação do trecho, este entre Santiago e Sao Borja apenas, oque reduziu a movimentação de trens passando por Mata, Jaguari, Santiago, etc. se mantendo assim ate meados de 2003. em 2003, mais uma parte do "Y" dos ramais (Y por causa dos 2 ramais fazerem o formato de um Y em direção ao oeste, noroeste e região central do estado) ser desativada, sendo esta entre Sao Luiz Gonzaga e Santo Ângelo. Nessa época a ALL acabou desativando alguns pátios da linha, arrancando as desviadas de NVC e reduzindo drasticamente o patio de NST, pelo qual das suas quase 9 linhas e um desvio com mais de 1 quilometro de extensão, restaram apenas um triangulo de reversão, e uma desviada de 305 metros; sendo esta uma jogada para aproveitar os trilhos em outros trechos em que o trafego continuava crescendo, enquanto ali, por conta dos vários contratos que a empresa quebrou com as cerealistas dos trechos, o movimento só caia.

Por volta de 2008 o patio da estacão de NMT também foi vitima, teve seu desvio de aprox. 700 mts arrancado de ponta a ponta, mas no mesmo ano a desviada de NVC fora reinstalada.

O trecho continuou com seu baixo movimento, com trens "dia-sim-dia-não"  com no máximo uma locomotiva e 10 vagões ate meados de 2012, quando a ALL quebrou contrato com outras firmas que ainda carregavam vagões, assim, desativando o trecho. nessa época, apenas passaram alguns trens de lastro e autos de linha, ate o inicio de 2013, quando o trafego foi restabelecido. No mesmo ano, o patio de NMT foi montado novamente, mas agora com sua desviada de apenas 170 metros de comprimento. nessa época a linha teve seu trafego realmente incrementado, passando trens com ate 30 vagões, e raras as vezes, algum cruzamento voltava a acontecer, seguindo assim ate o inicio de 2016.

  O fatídico ano de 2016, em que apos alguns meses desde a ALL se Tornar a RUMO logistica S.A, os trens pararam de circular, e apenas um auto de linha fazia a ronda do trecho mensalmente, ate que na metade do mesmo ano, uma enchente fez estragos a alguns aterros do trecho, assim desativando oficialmente o ramal, algumas semanas depois da enchente, o inicio da linha em NDA ficou tomado de vagões abandonados, que perduram la ate os dias de hoje.

Felizmente, com a renovação da Malha Sul, prevista para 2022, a RUMO já sinalizou que fara a recuperação do trecho de Dilermando de Aguiar ate Santiago, e de Santiago ate São Luiz Gonzaga, mas os trechos de santiago a são Borja e são Luiz Gonzaga a Santo Ângelo serão possivelmente devolvidos, oque talvez faça com que nunca mais circule trens nos mesmos.